Erste urkundliche Nennungen von Altenmarkt finden sich 1106 mit der Erwähnung des Ortsteils Frenz („Frodniz“) und 1139 mit der Nennung des Ortsteils Eßling („Ozlich“). Altenmarkt als „Antiquum forum“ ist sodann erstmals 1335 urkundlich nachweisbar.
Bereits um die Mitte des 12. Jahrhundert dürfte eine erste (hölzerne) Kirche oder Kapelle erbaut worden sein, die eine Filiale der 1152 geweihten Mutterpfarre St. Gallen und somit ebenfalls der Benediktinerabtei Admont inkorporiert war. Wohl im 14. Jahrhundert wurde eine neue Kirche errichtet, die sich – mit vielen Umbauten und Umgestaltungen – bis heute erhalten hat. Bis zum Jahr 1519 lautete das Patrozinium der Pfarre auf „St. Martha“, ab diesem Zeitpunkt wurde der Flößerpatron St. Nikolaus als Pfarrpatron der an der Enns gelegenen Kirche verehrt. In der Zeit von der Erbauung der Kirche bis 1690 wurde die Seelsorge von St. Gallen aus wahrgenommen; es gab allerdings nur in größeren Zeitabständen Gottesdienste in Altenmarkt. Ab diesem Jahr wurde an jedem Sonn- und Feiertag das Hl. Messopfer zelebriert.
In den Jahren 1575 und 1773 wurde die Kirche durch Brände zerstört und in der Folge wieder aufgebaut. Im Jahr 1786 erfolgte schließlich im Zuge der josephinischen Kirchenreform die Pfarrerhebung. 1847 wurde anstelle des alten, um die Kirche gelegenen Pfarrfriedhofes ein neuer Friedhof am damaligen Ortsrand errichtet. 1927 zerstörte ein Blitzschlag das Turmdach und beschädigt Turmuhr, Chorempore, Kirchendecke und Fenster.
Die Restaurierungsarbeiten wurden aufgrund der schwierigen wirtschaftlichen Situation erst 1931 abgeschlossen. 1961 wurde ein Pfarrkindergarten errichtet, der 2004/05 grundlegend saniert und erweitert wurde. 1963/64 und 1979-83 wurde die Kirche renoviert und im Geiste der damaligen Zeit umgestaltet. In den Jahren 2001-2004 schließlich erfolgten eine teilweise Innenrenovierung der Kirche (Fußboden) und die Neuanlage des Kirchenplatzes sowie des Psalmenweges am alten Friedhof.
2005-07 wurden weitere notwendige Renovierungsarbeiten durchgeführt (Altäre, Kanzel, Sakristei, Dachboden, Glockenstuhl, Turmkreuz, Turmuhren). 2006 wurden die vier alten Stahlglocken aus dem Jahr 1920 durch ein neues sechsstimmiges Bronzegeläute (Parsifal-Motiv) ersetzt. Unsere Pfarre versucht in Zusammenarbeit mit den Vereinen und Institutionen den Menschen in einer wirtschaftlich schwierigen Region und weltanschaulich diffusen Zeit auf ihrem Lebensweg beizustehen und Hoffnung und Lebensfreude zu vermitteln.
Der aus der 2. Hälfte des 18. Jahrhunderts stammende Hochaltar stand ursprünglich in der Priesterseminarkapelle in Graz und wurde in den 60er Jahren anstelle des klassizistischen Hochaltares aus dem 19. Jahrhundert in unserer Pfarrkirche aufgestellt. Die Statue des Hl. Nikolaus stammt aus der zweiten Hälfte des 20. Jh.
Die beiden barocken Seitenaltäre (~ 1730-50) stammen – wie der leider nicht mehr erhaltene barocke Hochaltar – aus der 1782 aufgehobenen Benediktinerinnenabtei Göß. Sie sind nach dem Brand 1793 in der wiedererrichteten Pfarrkirche aufgestellt worden. Der evangelienseitige Seitenaltar stellt Maria mit Joachim und Anna dar. Über dem Altarbild findet sich die Darstellung des Hl. Antonius von Padua, die flankierenden Statuen sind links der Erzengel Michael und rechts der Hl. Florian, (neuer) Landespatron von Oberösterreich und somit des oö. Teiles der Pfarre.
Auf der Altarmensa steht eine Marienstatue aus dem 18. Jh. In der kleinen Nische seitlich ist die Hl. Veronika mit dem Schweißtuch. – Der epistelseitige Seitenaltar zeigt das Martyrium der Hl. Barbara. Über dem Altarbild ist der Hl. Joseph dargestellt, die flankierenden Statuen sind links St. Notburga und rechts St. Isidor, die Bauernpatrone. In einer kleinen Nische der Seitenkapelle steht die aus dem 18. Jh. stammende Figur des leidenden Heilands an der Geißelsäule.
Die Kanzel wird auf die erste Hälfte des 19. Jh. datiert. Am Schalldeckel ist ein Putto, der die Weltkugel mit dem Kreuz stützt. An der Unterseite ist die Heiliggeisttaube dargestellt. Die Orgel der Kirche wurde im Jahr 1841 erbaut und hat x klingende Register auf einem Manual und Pedal.
Die Statuen im Kirchenschiff (17./18. Jh.) stellen evangelienseitig von vorne nach hinten den Hl. Antonius von Padua, St. Benedikt von Nursia, St. Rochus und den Hl. Leopold („alter“ Landespatron von OÖ, Statue aus dem 19. Jh.) und epistelseitig den Hl. Johannes Nepomuk, den Hl. Sebastian und St. Joseph (Landespatron der Steiermark, Statue aus dem 19. Jh.) dar. Der repräsentative Grabstein (1632) gegenüber dem Haupteingang der Kirche ist dem Hammerherrn Nikolaus Praunfalckh gewidmet, einem großen Wohltäter unserer Pfarrkirche. Die große Kreuzigungsgruppe (mit der Muttergottes und dem Hl. Johannes) an der Außenseite der Kirche stammt aus dem 17. Jahrhundert.